О судьбе обители в Смутное время до нас дошло мало известий, но, скорее всего, монастырские строения могли пострадать в 1618 году. Тогда Переяславль-Рязанский подвергся нападению отрядов запорожского гетмана Петра Сагайдачного и войска польского королевича Владислава, метившего на московский престол.
Хотя враги и не смогли взять Переяславский кремль, но жестоко разграбили окрестности. Вскоре после этого в кремле появились восемь новых деревянных церквей и дубовая колокольня: вероятно, прежним строениям был нанесен серьезный ущерб. Возможно, что не избежал разрушений и Спасо-Преображенский монастырь. Интересно, что впоследствии гетман Сагайдачный от имени всего Войска Запорожского просил Патриарха Иерусалимского Феофана «об отпущении греха разлития крови христианской» в Московском государстве, но получил в ответ лишь суровую отповедь за войну против единоверной страны.


Следующее тяжелое испытание Спасской обители пришлось пережить в 1647 году, когда пожар уничтожил всю деревянную застройку монастыря. После этого, со второй половины XVII столетия, здесь начинается каменное строительство и монастырь понемногу приобретает тот облик, который он имеет ныне.
В 40-х годах XVII века была возведена каменная Богоявленская церковь с двумя приделами - Покровским и во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Колокольня при ней имела шесть колоколов. На самом большом из них прочитывалась надпись: «Лета 7155 (1647) слит сей колокол, при державе государя царя и великого князя Алексея Михайловича, Всея России, и лил тот колокол ко Всемилостивому Спасу, что на Рязани, в городе, коломенский епископ Рафаил, по своим родителям в вечной помин, с своим сыном тоя же обители архимандритом Боголепом». Сейчас уже и не все знают, что раньше над Святыми вратами была церковь во имя преподобного Варлаама Хутынского, Новгородского чудотворца. Её воздвигли в 1679 году, она простояла всего 13 лет и разрушилась при обрушении кремлевского Успенского собора в 1692 году.



Во второй половине XVII века возведены братский и настоятельский корпуса. Со временем эти здания обновлялись, а в 1901-1904 годах между ними построили Иоанно-Иосифовскую церковь, которая соединила два здания в одно целое. В 1702 году, при настоятеле архимандрите Льве, купец гостиной сотни Михаил Федорович Немчинов построил храм Преображения Господня. В нем был устроен пятиярусный иконостас в стиле барокко. По отзывам тех, кто видел этот иконостас, особенное впечатление производили иконы местного ряда, для которых в 1754 году на средства купца Ивана Васильевича Осминина были выполнены серебряные ризы с позолоченными венцами.



К середине XVIII столетия Спасо-Преображенский монастырь владел обширными вотчинами. Ему принадлежали более 10 сел и деревень с населением почти 3000 человек, земельные участки в Рязани, места рыбной ловли, даже «пустовое дворовое место» у реки Яузы в Москве. Но в 1764 году, в результате проведенной Екатериной II секуляризации, Спасская обитель лишилась всех своих вотчин. При этом ей передали мельницу, лесные и земельные угодья. Все это сдавалось в аренду, а получаемые доходы шли на поддержание в порядке монастырских строений, церквей и на жизнеобеспечение братии. При всех перипетиях политической жизни монастырь всегда привлекал богомольцев и оставался достаточно богатым. Здесь находился древний образ Пресвятой Богородицы «Утоли моя печали», особенно почитаемый жителями града Рязани. Многие жертвователи делали щедрые вклады. Так, например, сохранилась запись о даре боярина Федора Петровича Шереметьева - архимандричьей шапке, которая «низана жемчугом крестообразно по красному бархату... в златых штуках по три изумруда красных и тех штук восемь... вокруг той шапки обруч серебренной позлащенной... опушена горностаем».



Настоятели в сане архимандритов управляли Спасо-Преображенским монастырем на протяжении нескольких веков. Но в 1868 году в Рязанской епархии появились викарные епископы. С тех пор Спасский мужской монастырь стал управляться викарием, и это продолжалось до 1902 года, когда кафедру викарных епископов перевели в Троицкий монастырь. В 1907 году ее вновь вернули в Спасский монастырь. Число братии Спасо-Преображенского монастыря со времени его основания и до начала XX века менялось очень незначительно. Так, например, в 1746 году в обители подвизались двадцать насельников, а в 1917-м - шестнадцать, что вполне сравнимо.
После революции Спасо-Преображенский монастырь постигла судьба многих других обителей. Окончательно его закрыли, видимо, в 1920 году, так как этим годом датирован документ о предоставлении квартиры настоятелю Спасского монастыря в связи с выселением. Новая власть приспособила территорию обители под место содержания холерных больных. Вскоре, в связи с эпидемией, было закрыто и монастырское кладбище. Прихожане, чтобы спасти Спасскую обитель, подготовили обращение с просьбой создать здесь религиозную общину, но разрешения не последовало, и в 1922 году всё имущество монастыря было описано, а наиболее ценные вещи - переданы в музей. Верующие успели взять из монастыря чудотворную икону «Утоли моя печали» - в дальнейшем её след, к сожалению, затерялся.



В зданиях обители последовательно располагались лазарет, горисполком, воинские части. С 1935 года территория монастыря со всеми постройками перешла в ведение музея, а в настоятельском и братском корпусах устроили коммунальные квартиры. В 1960-е годы в Спасо-Преображенский собор «въехало» хранилище Государственного архива Рязанской области, в Богоявленский храм - архив ЗАГСа. В 1968 году бывшая обитель со всеми постройками вошла в состав Рязанского историко-архитектурного музея-заповедника.
Новая страница в истории монастыря открылась в 1996 году, когда монастырские здания передали Рязанской епархии Русской Православной Церкви. Первыми были возвращены настоятельский и братский корпуса, в них разместилось Рязанское духовное училище, в 2004 преобразованное в Духовную семинарию.
В 2005 года Священный Синод во главе со Святейшим Патриархом Московским и Всея Руси Алексием II принял решение об открытии Спасо-Преображенского мужского монастыря в Рязанском кремле и возобновлении в нём монашеской жизни. В 2007 году обители передали Спасо-Преображенский собор и Богоявленский храм, после чего началось их восстановление. Сейчас в монастыре идут реставрационные работы.