Величественная колокольня Новоспасского монастыря была хорошо видна при подъезде к первопрестольной с юга. Соборный храм отчетливо просматривался с Воробьевых гор, Поклонной горы и других возвышенностей. Не случайно монастырь издавна называли «белым голубем Москвы».
Спасо-Преображенский соборный храм находится напротив главных монастырских ворот. Строился он на протяжении шести лет при великом князе Иване III и был освящен в 1497 году митрополитом Симоном.
При царе Михаиле Федоровиче Преображенскую церковь разобрали до «подошвы», на которой затем поднялся величественный собор, один из самых больших в Москве (его площадь - около 900 кв. м). Насколько можно судить по летописным источникам, одной из главных причин возведения нового храма было желание царя, чтобы тела «царских пресветлых родителей» покоились в родовой усыпальнице под церковными сводами.
Завершали строительство уже при царе Алексее Михайловиче. Монументальностью архитектурных форм и изысканностью внутреннего убранства Преображенский храм во многом обязан именно ему. Только на внутреннюю отделку собора самодержец пожертвовал более двухсот икон, множество драгоценных сосудов и расшитых золотом облачений.
19 сентября 1647 года Патриарх Иосиф в присутствии царя Алексея Михайловича освятил Преображенский храм. Настоятелем обители тогда был архимандрит Никон, будущий реформатор Русской Церкви.
В первые годы царствования Петра I собор украсили живописью, а в 1703 году он вновь был освящен митрополитом Рязанским Стефаном Яворским. Немалые потери понес Преображенский храм в огне московского пожара 1747 года. Но куда более глубокие раны нанесли ему наполеоновские солдаты в 1812 году. В первый после изгнания Наполеона праздник Преображения Господня, в 1813 году, собор был торжественно освящен. В 1840-х годах его бережно отреставрировали.
Сверху очертания храма напоминают корабль. Восточная его сторона состоит из трех полусфер (апсид). Главный вход на паперть начинается не с земли, а с возвышения высотой
в 17 ступеней - это связано с тем, что под собором устроена усыпальница. Свод здания опирается на четыре прямоугольных столба, из которых два находятся за иконостасом и два в средней части храма. У входа, на паперти, нанесены росписи.



С восточной стороны изображены десять древнегреческих философов, в руках у них - свитки с изречениями. (Заметим, что изображения языческих философов можно видеть во многих знаменитых православных храмах. «Отцы наши хотели выразить, - объяснял эту странную «прихоть» древних живописцев святитель Филарет (Дроздов), - что никогда языческая мудрость не восходила низших ступеней христианского храма».) На верхнем своде паперти написано родословное древо русских великих князей и царей из рода Рюриковичей. Дальше - семь Вселенских Соборов. На западной стороне - сцены из Страшного Суда, взятые из Откровения Иоанна Богослова. Живопись на паперти стилизована под XVII век.
Величественный пятиярусный иконостас - вполне типичный для древнерусских храмов - схож с иконостасами Успенских соборов Московского Кремля и Троице-Сергиевой Лавры. Старинный иконостас XVII столетия не сохранился, но реставраторы постарались максимально точно воспроизвести древний иконописный порядок. В нижнем ярусе находятся иконы с местночтимыми святыми; во втором - апостолы, в центре которых - Христос Спаситель; над ними - 12 Великих праздников; в четвертом ряду изображены пророки и Богоматерь; в верхнем - праотцы; и чуть выше - Бог-Отец.
Сам собор был расписан в 1780-е годы. На правом столпе мы видим царей Михаила Федоровича и Алексея Михайловича в полном царском облачении и с уменьшенной копией соборного
храма. Нимбы над их головами символизируют их царское величие, а не святость. У этого столпа находилось царское место.
Все своды, стены и купола собора украшены фресками, преимущественно изображающими события из земной жизни Христа Спасителя, а также великие праздники и православных святых. Под сводами церкви покоятся предки Дома Романовых. В описи 1680 года указаны 70 захоронений, идентифицированы из них 28.
В 1930-е годы в Преображенском соборе размещался архив НКВД. После возвращения храма Церкви, в 1993 году, из фондов Государственного исторического музея монастырю передали фреску XVII века с изображением устроителей собора - царей Михаила Феодоровича и Алексея Михайловича. Кропотливо восстанавливаются уникальные росписи XVII века. Отреставрирован иконостас. Реставрационные работы в соборном храме продолжаются.


Храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы имеет общую паперть с Преображенским собором, к которому он примыкает своей северо-восточной стороной. Заложена церковь была в 1673 году царем Алексеем Михайловичем, а 7 октября 1675 года - освящена Патриархом Иоакимом. Храм увенчан тремя главами, внутренняя роспись выполнялась в 80-е годы XVIII века. В 1812 году французы превратили Покровский храм в склад. После изгнания оккупантов, в 1813 году, церковь освятил архимандрит Амвросий II.



В 1820 году был сооружен новый иконостас. По краям главного алтаря находятся два придела. Правый придел - во имя святой великомученицы Варвары - устроен в 1758 году, а левый - во имя святителя Димитрия, митрополита Ростовского, - годом раньше, вскоре после открытия мощей и прославления этого знаменитого писателя и архиерея.
В 1877 году в храме работал академик живописи В.Д. Фартусов. В приделе великомученицы Варвары появились изображения преподобных дев и мучениц, а в приделе свт. Дмитрия Ростовского - изображения святителей и преподобных.
В 1918 году службы в Покровском храме прекратились. Заново он был освящен в 1997 году на праздник Покрова Пресвятой Богородицы. В 2002 году началось восстановление его росписей.


Знаменская церковь располагается северо-западнее Преображенского собора. Здесь находится родовая икона бояр Романовых - икона Божией Матери «Знамение». Храм возвел царь Михаил Федорович над местом погребенияпредставителей семейства Романовых. В частности, здесь были перезахоронены дядья царя, родные братья Патриарха Филарета, - Александр, Василий, Михаил и Иван Никитичи.


К концу XVIII века храм настолько обветшал, что его были вынуждены разобрать. В 1791 году близ этого места появилась новая Знаменская церковь. Её проект составил баженовский ученик архитектор Е.С. Назаров. 15 января 1795 года епископ Воронежский Мефодий, бывший наместник Новоспасского монастыря, освятил храм.
Наполеоновские солдаты устроили в церкви конюшню. Церковь была вновь освящена в 1813 году. Знаменский храм представляет собой двухэтажное сооружение. В верхнем этаже располагаются хоры, в нижнем - усыпальница. Здесь погребены князья Лобановы-Ростовские, Черкасские, Сицкие и Урусовы. Под алтарем храма - фамильная усыпальница графов Шереметевых.
Когда большевики устроили в обители женскую тюрьму, в Знаменском храме находились жилые помещения для заключенных. Позже, в 1930-е годы, здесь приводили в исполнение приговоры «троек». Людей привозили в церковь якобы для санобработки и, заводя внутрь, расстреливали. После войны в храме обосновался вытрезвитель, освободивший «помещение» лишь в 1967 году. В наши дни в Знаменской церкви работают реставраторы.


Храм во имя святителя Николая примыкает к братскому корпусу с северо-западной стороны. Построили его в 1652 году на средства князя Я.Черкасского, изначально он был больничным. В подвальном этаже церкви находились печально известные «каменные мешки», куда помещали особо опасных - с точки зрения власти - преступников. Полтора месяца пробыл здесь бывший настоятель Троице-Сергиевой обители преподобный Дионисий, обвиненный завистниками в ереси.


Никольский храм имел отдельный вход с улицы и, возможно, по этой причине при большевиках не закрывался дольше других монастырских церквей. Богослужения здесь продолжалисьдо 1926 года. Тогда монастырь полулегально существовал под видом приходской общины «Братство Преображения Господня». В 1930-е годы Никольскую церковь приспособили под склад конфискованной мебели и картофелехранилище.